众所周知此次新型冠状病毒是通过宏基因组学第二代测序技术检测（metagenomics next generation sequencing，mNGS）才得以早期及时发现，让大家见证了新技术的神奇之处，如今该技术在临床得到了广泛应用，我们通过以下病例来认识下这项技术的神奇之处。
病例回顾：
患者，男，59 岁，既往体健，因「发热 10 天」门诊就诊。
患者 10 天前无诱因下发热，最高体温 40℃，伴畏寒多汗，有右侧胸痛，无明显咳嗽，无咯血，无呼吸困难，在门诊血常规检查示「白细胞 7.47×10^9/L；血红蛋白 132 g/L；血小板 341×10^9/L；C 反应蛋白 (超敏) 34.95 mg/L ↑」胸部 CT 示:「右肺下叶感染性病变」，予「哌拉西林舒巴坦钠注射液」治疗 6 天，复查胸部 CT 示「右肺下叶病变较前相仿」，收住入院进一步检查。
2023-04-16 初次胸部 CT：
图 1 右肺中叶支气管部分堵塞
图 2 右肺下叶外周成团块斑片状高密度影
图 3 右肺第 12 组叶支气管淋巴结肿大，右侧少许胸腔积液。
2023-04-23「哌拉西林舒巴坦钠注射液」治疗 6 天后复查胸部 CT：
图 4 右肺中叶支气管堵塞加剧
图 5 右肺下叶外周成团块斑片状高密度影增多
图 6 右肺第 12 组叶支气管淋巴结密度增高，部分钙化
患者入院后考虑「阻塞性肺炎」，予支气管镜进一步检查，果然镜下发现：右肺中叶外侧段及右肺中叶内侧段 b 支支气管堵塞狭窄。
予以支气管肺泡灌洗液真、细菌培养、结核 DNA 检测、灌洗液涂片抗酸杆菌检测、刷检及病理检测。很遗憾，真菌、细菌培养、灌洗液涂片找抗酸杆菌、刷检病理均阴性（条件有限未予纵膈淋巴结穿刺检查）。
图 7 支气管镜下：右肺中叶外侧段及右肺中叶内侧段 b 支支气管堵塞狭窄。
图 8 支气管镜下：右肺中叶外侧段及右肺中叶内侧段 b 支支气管堵塞狭窄.（左侧绿箭头为右肺中叶内侧段 b 支支气管，右侧绿箭头为右肺中叶外侧段支气管）
是肿瘤所致压迫阻塞性肺炎吗？
正当我们抉择不定时，检查次日支气管肺泡灌洗液 mNGS 结果回报：
结合病史及影像学特点，考虑「气管支气管结核、肺结核」，转专科医院治疗，使患者及时治疗避免病情加剧所导致的支气管壁结构不可逆性破坏。之后的支气管肺泡灌洗液结核 DNA 阳性结果回报确诊「气管支气管结核、肺结核」。
什么是气管支气管结核，它在支气管镜下有哪些表现？
「气管支气管结核」（旧称：支气管内膜结核）是指发生在气管、支气管黏膜、黏膜下层、外膜及软骨的结核病 [1]。
胸部 CT 可见气管支气管不均匀狭窄、内膜凹凸不平，并可见阻塞性肺炎、阻塞性肺不张以及小叶中心结节、空洞等肺结核的征象，部分患者肺内无病灶 [2]。
支气管镜检查为检查气管支气管结核最有效手段，可以直观的观察内膜病变，同时可以进行灌洗（因可能导致感染加剧慎用）、活检取得理想的标本，并且在诊断的同时可以进行球囊扩张、镜下给药等治疗。
气管支气管结核在支气管镜下分为以下 6 型：I 型 ( 炎症浸润型 ) ；Ⅱ型 ( 溃疡坏死型 )；Ⅲ型 ( 肉芽增殖型 ) ；Ⅳ型 ( 瘢痕狭窄型 )；Ⅴ型 ( 管壁软化型 ) ；Ⅵ型 ( 淋巴结瘘型 ) [2]。
图 9 I 型 ( 炎症浸润型 )：气管、支气管黏膜充血水肿，黏膜表面有灰白色粟粒状结节，气道可因黏膜水肿而狭窄。[2]
图 10 Ⅱ型 ( 溃疡坏死型 )：病变区域在充血水肿基础上出现溃疡，表面常有干酪样坏死物。
图 11 右下肺基底段支气管黏膜充血水肿，表面覆盖有干酪样坏死物。Ⅲ型 ( 肉芽增殖型 ) ：局部肉芽组织增生，气管支气管黏膜水肿充血减轻，溃疡开始修复，增生组织将管道堵塞。[2]
图 12 Ⅳ型 ( 瘢痕狭窄型 ) 病变瘢痕形成，管道狭窄堵塞。[2]
图 13 Ⅴ型 ( 管壁软化型 )：气管、支气管软骨环破坏而失去支撑结构导致气管、支气管管腔塌陷。[2]
图 14 Ⅵ型 ( 淋巴结瘘型 )：纵隔或肺门淋巴结结核破溃入气道形成支气管淋巴结瘘。 [1]
上下滚动查看更多
宏基因组学第二代测序技术检测 mNGS 是什么？
NGS：也称高通量测序，是一种可以同时对数十万到数百万条 DNA 分子序列进行读取的测序技术。
mNGS：m 指宏基因组，也称元基因组，是标本中全部生物（人、微生物）基因组的总称。mNGS 指对标本中的全部生物基因组进行 NGS 分析。在感染性疾病诊断领域中，侧重于微生物基因组的识别和分析。
均一化序列数：每 100K 的原始序列中含有该微生物的序列数，均一化序列数越高，则样本含有该微生物的可靠性越高。
相对丰度：指除去宿主序列之后，某微生物物种序列在相应大类物种（通常分成细菌、真菌、病毒、寄生虫 4 大类）中的分布比例。丰度越高，表示该物种所占比例越高。它只能指示同一样本中某个物种的相对的量，不能用于不同样本之间的比较。[3]
mNGS 较传统病原学检测有哪些优点？
① 快速（最快可在 24 小时以内），使重症患者及早得以救治 ；
② 罕见病原体或常见病原体不典型表现提供线索，如新冠病毒或非疫区的少见病原体如恙虫病、钩端螺旋体感染等；
③ 病原体培养困难或无相应条件的医疗单位：如军团菌、鹦鹉热衣原体、曲霉菌、已抗感染治疗后病原体相对减少情况等 ；
④ 混合感染，特别是免疫缺陷患者 [3]。
mNGS 适用范围？
① 病情危重需要尽快明确病原体 ；
② 特殊病人如免疫抑制宿主、合并基础疾病、反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体 ；
③ 传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳 ；
④ 疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性 ；
⑤ 疑似特殊病原体感染 ；
⑥ 长期发热和 / 或伴有其他临床症状、病因不明的感染 [4]。
mNGS 不足之处？
① 价格偏高，随着技术进展这一问题可得以解决 ；
② 无法明确哪个才是真正的致病菌（死菌、定值菌、污染菌需鉴别），需临床医师结合临床表现及实验室结果；
③ 致病菌耐药情况仍需传统药敏培养；
④ 难以提取核酸的病原体假阴性：如分枝杆菌（包括结核和 NTM）、真菌（曲霉、隐球菌等），含有坚硬的细胞壁或有非常厚的荚膜，导致破壁困难而使核酸提取效率低下，检出的序列数较少；细胞内生长的病原体如衣原体、立克次体、东方体、柯克斯体等；
⑤标本采集部位错误导致假阴性：如钩端螺旋体所致肺出血病例，支气管肺泡灌洗液 NGS 阴性，血浆 NGS 阳性 ；
⑥标本保存不当或抗感染后病原体载体下降至正常水平；
⑦数据库的完整性和准确性：数据库不完整或错误导致假阴性或假阳性；
⑧实验室报告人员对标本中检出的低序列数病原是否报告给临床也会影响 mNGS 结果的评判 [5]。
从以上可得出 mNGS 错误有部分原因与检测公司技术有关，我们可以通过检测公司病原词云图来判断该公司技术水平，如呼吸科支气管肺泡灌洗液常见病原体，如果字体大小顺序和临床肺炎致病菌常见顺序符合则体现高技术水平 [6]。
最后总结，mNGS 是一种很好的新技术，但正确的 mNGS 报告解读需要建立在对患者病情充分理解的基础上，根据主要参数指标分析报告质量，判断结果可信程度。因此，临床医师需学会如何正确应用新技术，而且要避免过度依赖新技术而忽略临床出现过度检查或治疗，我们也期待这项技术发展进步能更好地为临床服务。
本文专业审核：
参考文献
1. 中华医学会结核病学分会，《中华结核和呼吸杂志》编辑委员会．气管支气管结核诊断和治疗指南 (试行)［J］. 中华结核和呼吸杂志，2012，35(8)：581-587
2. 陆霓虹，杨蕤. 肺结核电子支气管镜及影像解剖彩色图谱 [M]. 云南科技出版社,2015:50-103.
3. 中华医学会检验医学分会临床微生物学组, 中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组, 中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会. 宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识 [J] . 中华检验医学杂志, 2021, 44(2) : 107-120. DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20201026-00794.
4. 宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用专家共识组. 宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识 [J] . 中华急诊医学杂志,2019,28( 2 ): 151-155.
5. 施毅, 李培. 下呼吸道感染宏基因组二代测序检测出低序列数病原体的诊断价值与思考 [J] . 中华结核和呼吸杂志, 2023, 46(4) : 311-314. DOI: 10.3760/cma.j.cn112147-20221129-00939.
6. 卓超.2021 浙南重症和疑难呼吸道感染诊治进展学术会议.mNGS 报告深度解读那些事儿.[EB/OL].(2021-11-20)[2023-04-29].https://wx.vzan.com/live/page/767848318?shauid = mrzLXMwOFZS9lxcN-KRZ4 g**&vprid = 0&sharetstamp = 1682759639297&ver = 8d4d83b8eee8405a80e57e743cd58dbe.
（▲▼ 上下滑动查看全部内容）